Shopifyの手数料は、プラン月額に加えて「売れるたびの率」がかかる
Shopifyの手数料は、毎月のプラン料金と、注文ごとに引かれる決済手数料の二本立てで考えると整理しやすくなります。決済手数料の率は上位プランほど低く、Shopify ペイメント（Shopifyの決済サービス）を使うか、外部の決済サービスを使うかでも変わります。
この記事は、日本向けの公式料金ページにある手数料を一覧にし、1件あたり・月あたりの計算例までまとめました。プラン月額の比較はShopify料金ガイドに任せ、ここでは「売れた1件から何円引かれるか」に絞ります。計算例の売上や注文数は、すべて編集部が作った架空の数字です。公式料金ページとヘルプは2026年10月13日に確認し、金額は日本円（JPY）で示します。
無料体験は3日間です。商品を1つ登録して決済の設定画面まで進めば、自店で選べる支払い方法と手数料の表示を、実際の画面で確かめられます。
Shopify 手数料の一覧｜日本の決済手数料率はプランで変わる
結論として、日本でShopify ペイメントを使うオンラインの標準カード決済は、Basicが3.55%、Growが3.4%、Advancedが3.25%、Plusが2.9%で、固定手数料は全プラン0円です。外部の決済サービスを使う場合は、別に取引手数料がかかります。
| 手数料の種類 | Basic | Grow | Advanced | Plus |
|---|---|---|---|---|
| オンラインの標準カード・JCB（Shopify ペイメント） | 3.55% + 0円 | 3.4% + 0円 | 3.25% + 0円 | 2.9% + 0円 |
| Amex・海外発行カード（オンライン） | 3.9% + 0円 | 3.85% + 0円 | 3.8% + 0円 | 3.75% + 0円 |
| 外部決済サービスの取引手数料 | 2% | 1% | 0.6% | 0.2% |
出典は日本の公式料金ページです。どのプランでもセットアップ手数料はかからない、とFAQにも書かれています。見落としやすい点は次の三つです。
- Amexと海外発行カードは、標準カードより0.35〜0.85ポイント高い率が別に示されています。支払い方法によって率が変わります。
- 固定手数料が0円なので、少額の注文でも1件ごとの固定費は上乗せされません。
- 外部決済サービスの取引手数料はShopifyに払う費用です。外部の決済会社が決める処理手数料は別にかかります。
モール型ECの注文を同期する場合は、月50件分は無料で、50件を超える分は1%（上限は月99米ドル）と料金表にあります。該当するのはモールと連携する店だけです。
外部決済の取引手数料は、支払い方法によって対象かどうかが分かれる
結論として、Shopify ペイメント以外の決済サービスを使った注文には、プランに応じた取引手数料（Basic 2%、Grow 1%、Advanced 0.6%、Plus 0.2%）がかかります。ただし、すべての注文が対象になるわけではありません。
公式ヘルプでは、計算式は30日間の「（商品代金 − 割引）+ 税 + 送料」に率を掛けたものです。2025年5月12日以降に作られたストアでは、ギフトカードやストアクレジットで支払われた部分も対象に入ります。取引手数料のヘルプ
対象外とされている主な注文は次のとおりです。
- Shopify ペイメント、Shop Pay、Shop Pay分割払いで処理された注文
- 現金、代金引換、銀行振込などの手動の支払い方法、テスト注文
- POS（実店舗レジ）の注文
- Shopify ペイメントを主な決済サービスにしている場合のPayPal
払い戻しをしても、取引手数料は戻りません。受けたい支払い方法が決まっているなら、その方法がShopify ペイメントで処理されるのか、外部の決済サービス経由なのかを、体験中の決済設定画面で先に確かめましょう。
為替や通貨換算の手数料は、今回確認した日本向けの料金ページとヘルプに数値が載っていません。現地通貨で価格を表示するにはShopify ペイメントが必要、とヘルプにあります。換算に関わる費用は、設定画面と公式ヘルプで個別に確かめます。
Shopify 手数料の計算例｜1件5,000円と月40万円で比べる
結論として、5,000円の注文なら、標準カード決済で引かれる額はBasicが177.5円、Growが170円、Advancedが162.5円です。計算は「支払い総額 × 決済手数料率」で、月の注文数を掛ければ月の手数料になります。
1件あたり：支払い総額5,000円の場合
架空の注文1件（支払い総額5,000円）で、Shopify ペイメントの日本向け料率を当てはめます。
| プラン | 標準カード | Amex・海外カード |
|---|---|---|
| Basic | 5,000円 × 3.55% = 177.5円 | 5,000円 × 3.9% = 195円 |
| Grow | 5,000円 × 3.4% = 170円 | 5,000円 × 3.85% = 192.5円 |
| Advanced | 5,000円 × 3.25% = 162.5円 | 5,000円 × 3.8% = 190円 |
外部決済サービスで受けた同じ5,000円（税・送料を含む総額）には、Basicで2%の取引手数料、つまり100円がかかります。外部決済会社の処理手数料は別に引かれるため、各社の公式ページで率を調べて足してください。
月あたり：400,000円の場合
架空の店が月に100件、平均4,000円の注文をすべて標準カードで受け、月払いの通常料金を使う例です。
| プラン | プラン月額 | 決済手数料 | 合計 |
|---|---|---|---|
| Basic | 4,850円 | 400,000円 × 3.55% = 14,200円 | 19,050円 |
| Grow | 13,500円 | 400,000円 × 3.4% = 13,600円 | 27,100円 |
| Advanced | 58,500円 | 400,000円 × 3.25% = 13,000円 | 71,500円 |
この例では、BasicからGrowに上げても決済手数料は月600円しか下がりません。プラン月額の差8,650円を手数料の差だけで取り戻すには、8,650円 ÷ 0.15% ≒ 月577万円の売上が必要です。GrowからAdvancedなら、45,000円 ÷ 0.15% = 月3,000万円です。上位プランを選ぶかどうかは、この分岐点と自店の月の売上を見比べて決めましょう。年払いの月換算など、プラン月額の見方はShopify料金ガイドにあります。
同じ400,000円を外部決済サービスで受けた場合、Shopifyへの取引手数料はBasicで8,000円、Growで4,000円、Advancedで2,400円です（外部決済会社の処理手数料は別）。この計算は、アプリ代、ドメイン、仕入れ、配送費を含まず、利益の予測でもありません。
手数料の確認場所｜請求書・入金・消費税・チャージバック
結論として、Shopifyの手数料は二か所に分かれて出ます。Shopify ペイメントのカード処理手数料は入金から差し引かれ、外部決済の取引手数料やアプリ料金はShopifyの請求書に載ります。
- 請求書：管理画面の「設定」から「請求」を開き、過去の請求書の明細で取引手数料の項目を確認します。
- 入金：Shopify ペイメントのカード処理手数料は請求書に載らず、入金額から引かれます。請求の種類（ヘルプ）
- アクティビティレポート：Shopify ペイメントの残高・手数料・入金を、期間と通貨を選んでまとめて確認できます。Shopify ペイメントのヘルプ
消費税については、取引手数料の計算式に、注文にかかる税が含まれています。Shopifyに払う手数料そのものに消費税がどう掛かるかは、今回確認した公式ページに記載がなく、未確認です。請求書の明細と税の欄で確かめてください。
チャージバック（カード利用者の異議申し立てで支払いが取り消される手続き）が起きると、日本ではチャージバック手数料1,300円がかかります。異議に勝てば手数料は戻り、負けた場合は取り消された金額と手数料の両方を失います。チャージバックのヘルプ
Shopify 手数料を抑える考え方｜率より先に、使う決済を決める
結論として、手数料を抑える最初の一手は、外部決済を通る注文を減らし、Shopify ペイメントで受けられる支払い方法を軸にすることです。上位プランへの変更は、スタッフ数や必要な機能が理由になったときに検討します。
- 使う決済サービスを絞る：Shopify ペイメントの注文には、外部決済の取引手数料がかかりません。受けたい支払い方法を書き出し、Shopify ペイメントで足りるかを先に確認します。
- 率ではなく金額で比べる：上の計算例のとおり、月の売上が小さいうちは、決済手数料率の差よりプラン月額の差の方が大きく効きます。分岐点を計算してから決めます。
- 請求と入金を月に一度見比べる：想定外の項目がないかを確認します。アプリの月額や使用量課金も、ここで一緒に見直せます。
日本向けの料金ページでは、3日間の無料体験の後、ほとんどのプランで最初の3か月は月額150円と案内されています。実際の条件は、申込み画面で確認してください。
料金の出典 ·
手数料の総額は、「売上の金額」「支払い方法の内訳」「プラン」の掛け算です。この三つを自店の数字に置き換えれば、「Shopifyの手数料は高いのか」という疑問に、自店の数字で答えが出ます。
よくある質問：Shopifyの手数料はいくら？
Shopifyの決済手数料はいくらですか？ 日本向けのオンライン標準カード決済は、Basicが3.55%、Growが3.4%、Advancedが3.25%、Plusが2.9%で、固定手数料は0円です（2026年10月13日確認）。
外部決済サービスを使うと、手数料はどうなりますか？ Shopify ペイメント以外の決済サービスを使った注文には、取引手数料（Basic 2%、Grow 1%、Advanced 0.6%、Plus 0.2%）がかかり、外部決済会社の処理手数料は別に引かれます。
手数料がかからない支払い方法はありますか？ 現金、代金引換、銀行振込などの手動の支払い方法は、取引手数料の対象外とヘルプに書かれています。
手数料は払い戻しで戻りますか？ 外部決済の取引手数料は、注文を払い戻しても戻りません。
次の一歩は、無料体験で決済設定と手数料の表示を確かめる
Shopifyの3日間の無料体験で、商品を1つ登録し、決済設定を開いて、受けたい支払い方法がShopify ペイメントで使えるかを確認しましょう。使う決済の経路が決まれば、この記事の計算式で、1件あたり・月あたりの手数料を自店の数字で出せます。
開設の手順はShopifyの始め方、プラン月額と年払いの違いはShopify料金ガイドで確認できます。
確認した公式資料（2026年10月13日確認）
- Shopify 日本向け料金ページ（プラン料金、決済手数料率、外部サービス取引手数料、セットアップ手数料、モール型EC注文同期、FAQ）: https://www.shopify.com/jp/pricing
- Shopify ヘルプ 外部決済の取引手数料（対象、計算式、対象外）: https://help.shopify.com/en/manual/your-account/manage-billing/billing-charges/types-of-charges/third-party-charges/third-party-transaction-fees
- Shopify ヘルプ 請求に含まれる費用の種類: https://help.shopify.com/en/manual/your-account/manage-billing/billing-charges/types-of-charges
- Shopify ヘルプ Shopify ペイメントの手数料とアクティビティレポート: https://help.shopify.com/en/manual/payments/shopify-payments/shopify-payments-fees
- Shopify ヘルプ チャージバックの手続きと手数料: https://help.shopify.com/en/manual/payments/chargebacks/chargeback-process
- Shopify ヘルプ 複数通貨で販売する条件: https://help.shopify.com/en/manual/payments/shopify-payments/multi-currency/shopify-payments-conversion-fees
